水利部南京水利水文自动化研究所（简称南水所）位于南京市城南风景秀丽的秦淮河畔，毗邻江宁高新技术开发区。南水所创建于1940年，前身为中央水利实验处南京水工仪器实验室，是我国最早成立的水利水文科学研究机构，建国后更名为“南京水文仪器研究室”，1981年组建南水所，是我国唯一从事水利信息化和水利自动化技术研究的专业研究所。创建73年来，虽历经多次变迁，但始终坚持水利水文基础技术研究，始终坚持为水利防灾减灾、为国家公共安全服务。目前全国水文标准化技术委员会水文仪器分技术委员会、国际水文标准组织TC113秘书处、水利部水文水资源监控工程技术研究中心依托并设在我所，水利部《水利信息化》杂志编辑部设在我所，水利部水文仪器及岩土工程仪器质量检验测试中心、国家技术监督局水文仪器及岩土工程仪器生产许可证审查部挂靠在我所。
南水所一直以来承担着国家和水利部水利水文自动化领域具有基础性、公益性、关键性的重大课题研究，水利防灾减灾关键技术和装备研究；参与或主持行业政策、法规、规划、标准的研究、制修订与宣贯，行业发展规划的编制；水文仪器、岩土工程仪器、水利水文自动化系统设备的产品研究、检验测试、新技术新方法研究；水文计量、测验标准、方法研究，水利水文（水环境、水生态）监测预报技术研究；承担水文援外技术支撑及水利信息化人才培训、水文职工岗位技能培训，为水利公益事业和国家公共安全提供技术支撑。
南水所通过了ISO9001质量管理体系认证，具有水文与水资源调查评价甲级资质证书，“南水”商标、“NSY”及图案商标被认定为江苏省著名商标。南水所将继续秉承“科学严谨，技术先进，品质优良，顾客满意”的质量方针，发扬“团结创新，求实拼搏”的科研精神，以水利科技创新发展为己任，为我国的水利现代化建设提供科技支撑。